Pridružite se Mariu i njegovim prijateljima na putovanju kako biste otkrili legendarno blago iza drevnih Thousand-Year Door. Nakon što ga princeza Peach zamoli za pomoć u potrazi za blagom, Mario odlazi u grad Rogueport. Ali kad on stigne, Peach nema nigdje! Nakon što sazna za legendu o Kristalnim zvijezdama, Mario kreće u potragu za ovim mitskim blagom i nada se da će usput pronaći Peach.

Naravno, Mario nije jedini koji se nada pronaći Crystal Stars, a ovaj put nije samo Bowser taj koji želi izazvati probleme! Hoće li naš junak uspjeti pronaći ove drevne artefakte, otvoriti Thousand-Year Door i možda čak spasiti svijet? Da biste pronašli Crystal Stars, morat ćete izaći izvan zidina Rogueporta i vidjeti svijet! Čekaju vas razna otkrića: golemi zmaj koji se skriva u jezivom dvorcu, ukleti grad obavijen vječnim sumrakom, odvažni detektivski posao u vlaku u pokretu i još mnogo toga!

Kad je riječ o kretanju i istraživanju, Mariove sposobnosti papira mogu pomoći! Pokušajte se pretvoriti u papirnati avion kako biste letjeli iznad praznina ili postanite tanki papir kako biste se provlačili kroz uske prostore. Postoji još više sposobnosti koje možete otkriti! Tijekom svog putovanja susrest ćete šarenu postavu likova koji će vam se rado pridružiti. Ovi saveznici ne samo da će vam pomoći otkriti Kristalne zvijezde, već će unijeti i svoj vlastiti stil u putovanje! Svaki partner ima svoje jedinstvene sposobnosti, kao što je Gumbella, koja otkriva informacije o neprijateljima ili lokacijama, Koops, koji može pokupiti nedostupne predmete, Madam Flurry, koja otpuhuje prepreke kako bi otkrila tajne staze, i više. Možete čak koristiti ove vještine u borbi kako biste sebi dali prednost nad svojim protivnicima.